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由于工资功能的特殊定位，致使管理员和工资员工必须在除了简单的上下级区别外，还有合作意味的关系。所以，这其中的信息管理流程，需要以一个规范的MIS来管理。
考勤管理系统的优势主要表现在三个方面：
1、医院考勤管理无纸化，环保又方便。传统的工资管理方式，都是经由人事部门及财务部门工作人员先进行信息处理，再进行录入电脑工作，再经由局域网等形式汇总，这其中一个涉及时间迟滞性，还有就是工作效率极其低下。这种传统的纸质医院考勤管理，一是会有很大的体力消耗，二是在精力上也是不小的付出，而且这种辛苦在很多时候往往没能得到满意的回复。而无纸化医院考勤管理，只需在电脑前点点鼠标，在体力上几乎没有多大的消耗，而且在环保、效率方面做得要比传统的医院考勤管理科学得多。
2、科学管理，安全可靠。传统的医院考勤管理方式，都是一份份独立的信息，一个员工对应一份，而这么一撂的资料，经常会由于各种原因，丢失或是污损，给医院考勤管理和工作管理进程带来很大的麻烦和不便。而考勤管理系统的动作，只需做好系统数据库的保护，以上问题可以迎刃而解了。
3、简化工作，促进其他方面的综合发展。由于考勤管理系统的介入运行，可以使工作人员腾出更多的时间，做更多针对性的服务。
考勤管理系统从两种用户角度进行功能划分。
1、员工部分： 1.1：请假管理；
1.2：考勤管理；
1.3：个人资料管理；
2、管理员部分：2.1：系统用户管理；
2.2：部门职位管理；
2.3：员工信息管理；
2.4：请假管理；
2.5：个人资料管理
2.6：休假信理。
2.7：考勤管理
1：请假管理：包括填写请假条，提交申请，查看审批，审核请假等等。
2：考勤管理：针对具体的员工考勤的统计等管理。
3：个人资料管理：进行个人信息管理，包括个人密码管理等。
1：系统用户管理：添加、编辑系统用户信息，以列表的形式显示。
2：部门职位管理：。管理员可以增删改查各个部门和部门下职位的信息。
3：员工信息管理：包括 个人用户：显示本人的基本信息。 添加员工：管理员可以通过此页面添加员工。 管理用户：管理员可以增删改查员工信息。。
4：请假管理：包括填写请假条，提交申请，查看审批，审核请假等等。<
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