我们期望电子政务可以促进勤政廉政建设和政府职能转变，将管理型政府转变为服务型政府,这自然要进行政务的流程再造。即使不涉及政府职能变化，单单电子政务本身也是一个政务流程再造过程。然而，以何种方式在电子政务建设中实现政务流程再造，是电子政务面临的难题.
    实际上，在我国政府职能转变过程中，最重要一条就是要转变为服务型政府，而政府服务性机构的电子政务，如信访办公室和中小企业服务中心等的电子政务，就是完善服务方式和质量、改造政府内部管理和政务流程的切入点。

我国加入WTO以后，政府面临职能转变的巨大挑战.西方国家有许多现代政府形式值得我们借鉴，但我们也要认识到西方政府形式的局限性。西方有很多程序化的政务流程，旨在保护公民权益，使得我们看到了建设责任、效率、公平、公正、透明政府的可能性。但与西方国家相比，中国还是一个发展中国家，中国面临的国际环境更加严峻，中国面临的社会和文化变化更频繁，中国要跨越的技术进步台阶更大，由此使得中国政府面临更多的不确定因素。按照组织理论，西方程序化的政务流程更适用于相对稳定的环境，而我国个案处理的政务流程更使用于复杂多变的国内外环境.如果我们为了消除腐败和保护公民权益，不加思考地套用西方程式化政务流程，我们就不但会牺牲政府效率，而且还难以应付我国艰巨复杂任务。